立案庭（诉讼服务中心）

主要职能：负责诉讼分流、立案登记、诉讼服务、诉调对接、涉诉信访、司法鉴定等工作；负责小额速裁案件和部分简易程序案件审理工作；负责管辖案件审理工作等。

行政审判庭

主要职能：负责本院管辖的非诉行政执行案件的审查。

刑事审判庭

主要职能：负责本院管辖的第一审刑事诉讼案件审理工作。

民事审判第一庭

主要职能：负责本院管辖的第一审婚姻、家庭、人身权利、劳动争议、房产、建设工程及有关合同等诉讼案件的审理工作；指导人民法庭和人民调解工作。

民事审判第二庭

主要职能：负责本院管辖的第一审合同、证券、票据等诉讼案件和破产案件的审理工作，以及执行裁决案件的审理工作。

执行局（执行指挥中心）

主要职能：负责执行本院一审生效法律文书以及法律、司法解释规定应当由本院执行的其他生效法律文书；负责执行本院作出的财产保全、证据保全和先予执行裁定；负责执行上级法院交办与执行工作有关的其他任务等。

审判管理办公室（审判监督庭、研究室）

整合审判管理办公室、研究室和审判监督庭等。

主要职能：负责案件质量与流程管理、司法统计与审判态势分析，以及审判委员会日常事务的相关协调工作；负责司法调研、综合文稿、人民陪审员参审事务管理等工作；负责再审申请案件审查和依审判监督程序审理的案件。

政治部

主要职能：负责法院人员思想政治工作、新闻宣传工作、法院人员业绩考评、机构编制、组织人事管理工作、人民陪审员人员管理和培训工作。

综合办公室

主要职能：负责处理文秘、机要保密、印鉴使用管理和档案管理、重要事项督办，有关会务与接待事务，人大代表议案、政协委员提案交办督促等工作。

司法行政装备科

主要职能：负责本院物资装备管理、审判法庭建设、信息化建设、诉讼费管理和财务等工作。

保留司法警察大队，作为镇江市丹徒区人民法院直属行政机构。

保留镇江市丹徒区人民法院辛丰人民法庭、宝堰人民法庭，作为基层人民法院派出机构。